Como o próprio nome diz, tratava-se de uma grande região alagadiça situada entre o Caju, a praia Pequena de Benfica e as terras do Engenho da Pedra, prolongamento do antigo Saco de Inhaúma, na Baía de Guanabara, incluindo a ilha do Pinheiro e a ilha do Bom Jardim. A região era contornada pela estrada real de Santa Cruz (depois avenida Suburbana) e pela estrada da Penha (atual avenida dos Democráticos).

Sergio Arouca Avenida Brasil, 4365 (Ins.Oswaldo Cruz)
Oswaldo Cruz Avenida Brasil, 4365 (Ins.Oswaldo Cruz)
Placa Avenida Brasil, 4365 (Ins.Oswaldo Cruz)

O litoral chegava junto ao morro do Amorim – nome dado por causa de João Dias Amorim, dono de uma grande carvoaria nas proximidades -, onde ficava a fazenda de Manguinhos. Nesse morro, no governo de Campos Sales, o Barão Pedro Afonso montou o Instituto Soroterápico Federal, em 25 de maio de 1900, com a função inicial de fabricar vacinas contra a peste bubônica. Em 12 de dezembro de 1907, passou a denominar-se Instituto de Patologia Experimental de Manguinhos. Oswaldo Cruz, ao comandar o combate a epidemia de febre amarela, assumiu o seu controle, erguendo o palácio de Manguinhos como sede do instituto, um grandioso monumento em estilo neo-mourisco, projeto do arquiteto português Luis Morais. Em 19 de março de 1918, em homenagem ao grande cientista, médico e sanitarista, passou a ser denominado Instituto Oswaldo Cruz, atualmente Fundação Oswaldo Cruz (ou FIOCRUZ), considerada uma das mais importantes instituições de pesquisa e ensino do Brasil na área de saúde.

No seu entorno, aterros começaram a surgir. Existia um forno crematório da limpeza urbana demolido, defronte do qual seria instalado o Aeroclube de Manguinhos. Os pântanos em direção à praia Pequena seriam esgotados com a abertura do canal do Cunha, que reunia a foz dos rios Jacaré e Faria em uma mesma saída para a Baía de Guanabara. Com a inauguração da avenida Brasil, concluída em 1946, atravessando os aterros defronte a Manguinhos, nela seria implantada a “Manguinhos Refinaria”, em 14 de dezembro de 1954, com o nome de Refinaria de Petróleos de Manguinhos, um marco na história industrial brasileira, criada com capital totalmente nacional e montada por engenheiros e operários brasileiros no tempo recorde de 255 dias.

Na antiga Estrada de Ferro da Leopoldina, atual Supervia, existia a “Parada Amorim”, depois estação Carlos Chagas, sendo rebatizada como estação de Manguinhos, com acesso pela rua Leopoldo Bulhões, servindo às grandes comunidades próximas, destacando-se o chamado “Complexo de Manguinhos”. Nele ficam as Comunidades Vila Turismo (de 1951), CHP2 (de 1951), Parque João Goulart (junto ao rio Faria), Parque Carlos Chagas ou Varginha (1941) e Mandela de Pedra (1995). Também pode-se citar a Comunidade Parque Oswaldo Cruz ou do Amorim (1901) e os Conjuntos Habitacionais Nelson Mandela e Samora Machel, estes situados entre o rio Jacaré e o canal do Cunha.

O bairro de Manguinhos é ocupado pela grande área da Fundação Oswaldo Cruz, pela Refinaria de Manguinhos e pelo complexo de favelas e é servido pela avenida Brasil, Linha Amarela, ramal da Supervia, avenida dos Democráticos e rua Leopoldo Bulhões.