A história de Varre-Sai acha-se vinculada à de Natividade, município do qual era sede distrital.

Sua evolução acha-se vinculada à de Itaperuna, com origem na penetração do desbravador José Lanes Brandão na área, por volta de 1831, que desencadeou fluxo migratório para a região. Em decorrência disso, em 1853, foi criada a freguesia de Nossa Senhora de Natividade do Carangola e, a partir do final do século XIX, com o advento da ferrovia, sua colonização se processou de forma rápida e contínua.

A freguesia chegou a tornar-se vila e sede do então recente município de Itaperuna, em 1885. Logo depois, contudo, perde sua hegemonia, passando por período de modificações administrativas. Em 1947, foi promulgado o desmembramento, de Itaperuna, dos distritos de Natividade do Carangola, Varre-Sai e Ourânia, a fim de constituírem o novo município de Natividade do Carangola.

Mais recentemente, registra-se a alteração do nome para Natividade e o desmembramento do distrito de Varre-Sai, constituindo novo município na Região Noroeste Fluminense.

O nome do município vem da história de D. Inácia, proprietária de um curral que Varre-Sai, já que foi ele o doador das terras do povoado, nos idos de 1850. Ele o fez devido a uma promessa a São Sebastião, dando origem ao vilarejo de São Sebastião do Varre Sahe.

A partir de meados do século XX, a decadência da lavoura do café teve como conseqüência a estagnação da dinâmica urbana, que hoje é servida por somente uma rodovia estadual que liga Varre-Sai a Natividade.emprestava aos tropeiros. Como, ao saírem, deixavam o local sujo, irritada ela dizia: "varre e sai". Algum tempo depois chegam à cidade cerca de 100 famílias de imigrantes italianos, os quais a colonizariam e a tornariam famosa, não muito tempo depois, pelo tradicional vinho de jabuticaba.

Felicíssimo Faria Salgado foi de fundamental importância para o surgimento da cidade de Varre-Sai, já que foi ele o doador das terras do povoado, nos idos de 1850. Ele o fez devido a uma promessa a São Sebastião, dando origem ao vilarejo de São Sebastião do Varre Sahe. A partir de meados do século XX, a decadência da lavoura do café teve como conseqüência a estagnação da dinâmica urbana, que hoje é servida por somente uma rodovia estadual que liga Varre-Sai a Natividade.

Igreja Matriz de São Sebastião

Construída em 1920, a Igreja Matriz de São Sebastião se localiza no alto de uma colina. Em estilo romântico, possui uma imagem de São Sebastião vinda da Itália.

Casarão da Cultura

O Casarão da Cultura de Varre-Sai, no Largo da Igreja São Sebastião, está instalado em um imóvel do século 18, que foi residência de Felicíssimo Faria Salgado, primeiro fazendeiro da região. O Casarão ainda conta com a Sala Baden Powell, onde estão dispostos discos, objetos (inclusive um violão) e fotos de um dos mais importantes violonistas do país, natural de Varre-Sai.

Casa da Dilina

Construído em 1894, o imóvel onde está atualmente instalada a Prefeitura de Varre-sai foi erguido originalmente para servir de residência. Faz parte do mais importante conjunto arquitetônico do centro histórico de Varre-Sai, que compreende o Casarão da Cultura, a Igreja Matriz de São Sebastião, o coreto e casas da Praça Abaeté Cordeiro. Dilina, apelido de Adelina, era uma das filhas do italiano Antonio Giovanini, que adquiriu a casa em 1900. Dilina foi professora de catecismo da cidade.