Território onde se encontra o atual Município de Três Rios era primitivamente denominado Paraíba Nova.

Sabe-se que em 1597, Martim Corrêa de Sá, filho de Salvador de Sá, passou pela região, utilizando o itinerário marítimo-terrestre, via Parati, para alcançar as "Minas Novas" ou "Minas Gerais", o que em parte, presume-se, contribuiu para seu desbravamento.

Foi entretanto nos primeiros decênios do Século XVIII, segundo crônica da época, que Pedro Dias Paes Leme, continuando a obra de seu pai, Garcia Paes Leme, fez construir, dedicada à Nossa Senhora do Monte Serrat, uma capela em terras do atual Distrito de Afonso Arinos. Mais tarde, ali se instalaria o destacamento efetivo do "Registro", com a missão de impedir o contrabando de ouro e diamante e de arrecadar os direitos reais da "Passagem".

Enquanto essa região era colonizada, outra surgia em conseqüência da fundação, pelo legendário capitão Tira-Morros, José Antônio Barbosa, de uma fazenda, a que deu o nome de Bemposta.

Em decorrência de sua posição no itinerário da "Estrada Real", que ligava o Rio a Minas, novo núcleo populacional ali se formou. Uma capela foi erguida, tendo São Sebastião de Entre Rios como Padroeiro.

Até antes de 1858, o território do atual Distrito constituía apenas uma colônia dependente da Fazenda de Cantagalo, de propriedade de Antônio Barroso Pereira, 1.º Barão de Entre Rios.

Por essa época, seguindo com a estrada de rodagem Petrópolis-Juiz de Fora, Mariano Procópio adquiriu, do referido barão, 81.840 braças quadradas de terras, construindo a grande e suntuosa Estação de Entre Rios, que mais tarde acolheu a comitiva imperial, quando da inauguração, em 18 de março de 1858, do trecho nas terras do Município, da famosa União e Indústria.

Foi a partir da instalação dessa parada, com os melhoramentos introduzidos pela companhia concessionária da rodovia e com a chegada dos trilhos da Estrada de Ferro D. Pedro II, em 1867, que Entre Rios passou a desenvolver-se com o surgimento de ricas fazendas onde o elemento negro escravizado fazia a fortuna de seus proprietários.

Entretanto, é interessante notar-se que, apesar de todo o progresso observado na localidade de Entre Rios, apenas em 1890 foi esta elevada à categoria de Distrito, quando Bemposta (com o nome de Nossa Senhora da Conceição Bemposta) e Nossa Senhora de Monte Serrat (atual Afonso Arinos), receberam em 1855 e 1884, respectivamente, predicativos de paróquias ou freguesias e, portanto, de Distritos.

As condições de desenvolvimento propiciaram a emancipação, que ocorreu em 1938, recebendo o Município a denominação de Entre Rios, modificado em 1943 para Três Rios.