Na segunda metade do século XVIII a constante procura de ouro atraía levas de garimpeiros para as margens dos córregos auríferos, afluentes dos rios Negro, Macuco e Grande. Daí o desbravamento das terras do atual Município de São Sebastião do Alto, habitadas pelos índios Coroados e Goitacàs.

Entre os anos de 1779 e 1786, Os garimpeiros, chefiados pelo legendário Manoel Henrique, mais conhecido pela alcunha de "Mão de Luva", exploraram clandestinamente os tributários desses rios, provocando enérgicas providências militares, por parte do então Vice-rei D. Luiz de Vasconcelos e Souza.

Foi assim que, a partir de 1786, começaram a afluir à região levas de faiscadores, em busca do precioso metal. Dolorosa surpresa os aguardava, pois verificaram que os filões estavam esgotados. Apesar disso outros garimpeiros surgiram, movidos pela ambição. A grande maioria, porém, logo se dirigiu para outras terras. Restou um reduzido número, já adaptado a novas condições de atividade, particularmente à agricultura.

No relatório do Vice-rei D. Luiz de Vasconcelos e Souza, enviado ao governo de Portugal, datado de 20 de agosto de 1789, encontram-se referências ao Município. A criação do arraial de São Sebastião, elevado a curato em 1852, é atribuída aos remanescentes dos garimpeiros.

A partir daquela época, a localidade prosperou rapidamente, a ponto de ser, dois anos depois elevada à freguesia. Em 1861, foi esta desmembrada do Município de Cantagalo e passou a chamar-se São Sebastião do Alto, subordinada ao de Santa Maria Madalena.

Suas lavouras floresciam, o que em grande parte se devia ao escravo negro. Com o advento da abolição, em 1888, O surto de prosperidade terminou.

Graças aos esforços de seus habitantes, São Sebastião do Alto vem acusando atualmente um novo e promissor surto de desenvolvimento, principalmente no setor pecuário.