Os primeiros povoados da região do Rio Preto foram constituídos pelas famílias mineiras que atravessavam o Rio Paraíba do Sul em busca de novas terras para a agricultura, depois da queda da atividade de mineração. Também vieram os plantadores de café, trazendo a experiência do plantio realizado em outras regiões da província.

Completaria este quadro a presença de colonos portugueses e, a seguir, de italianos. No início do século XIX, D. João VI distribuiu sesmarias e incentivou o plantio de café, que veio a se constituir na nova riqueza nacional. Na província do Rio de Janeiro, a cultura do café produziu os seus primeiros efeitos com a criação das grandes fazendas e o surgimento dos barões do café. Em São José, podemos citar como exemplos dessa nobreza latifundiária os Barões de Águas Claras e de Bemposta.

São José deve à cafeicultura a construção das grandes sedes de fazendas, tais como as das Fazendas do Calçado Grande, Nossa Senhora do Belém, Sossego e Águas Claras. A lavoura do café aumentou, consideravelmente, o emprego da mão-de-obra escrava, que muito contribuiu, com seu trabalho, para a efetivação de um novo ciclo de desenvolvimento no Vale do Paraíba.

O ciclo do café começou a desmoronar-se com o esgotamento do solo, a libertação dos escravos e a queda internacional do preço do produto, de 1888 a 1929. A crise que se seguiu à derrocada do café fez com que a região do Rio Preto, a exemplo de outras, sofresse um período de retrocesso econômico. Casas comerciais fecharam, o que afetou diretamente o crédito agrícola, os trilhos da via férrea foram retirados, as grandes fazendas foram despovoadas e a política dominante dos proprietários de terras entrou em declínio.

Muitas famílias venderam os seus bens e foram para outras regiões. Um novo ciclo econômico foi paulatinamente se instalando em São José do Rio Preto através da avicultura, que trouxe de volta o desenvolvimento. O ciclo da avicultura harmonizou-se com a agricultura, com o fornecimento de adubo para a lavoura. A olericultura tomou grande vulto na economia riopretana. De 1950 a 1960, no auge da avicultura, São José do Rio Preto foi considerado o maior centro avícola da América do Sul. Começaram, nesta época, a surgir novos loteamentos, comércios, colégios, hospitais etc., trazendo crescimento e progresso. O imenso território da freguesia de São José do Rio Preto, que já era um desmembramento da antiga freguesia de Inhomirim, sofreu vários desmembramentos, como a freguesia de Cebolas e o curato de Matosinho, em 1839, a freguesia de Nossa Senhora Aparecida, em 1842, a freguesia de São Pedro de Alcântara, em 1846 (origem do município de Petrópolis) e, finalmente, a freguesia de Nossa Senhora da Conceição de Bemposta, em 1855.

A futura cidade de Petrópolis, bem como a área que formou o seu município na bacia do Rio Piabanha, constituía um curato daquela freguesia e obedecia administrativamente às autoridades de São José do Rio Preto.

Em 1833, a povoação de Paraíba do Sul recebe o predicamento de vila, compreendendo São José do Rio Preto.

Em 1857, foi conferida à colônia de Petrópolis os foros de cidade. Porém, não lhe coube o território de São José do Rio Preto, que se conservou, então, ainda dependente da administração de Paraíba do Sul.

Em 1892, entretanto, a freguesia de São José do Rio Preto foi incorporada a Petrópolis como seu 5º Distrito, conseguindo sua emancipação somente em 1987, quando surgiu o município de São José do Vale do Rio Preto.