A região norte-fluminense, onde se estende o território do atual Município de São João da Barra, era habitada pelos Goitacás. Quando, em 1534, o rei de Portugal dividiu o Brasil em capitanias hereditárias, ficaram essas terras compreendidas na Capitania de São Tomé, ou Paraíba do Sul, doada a Pero Góis da Silveira.

Pero Góis só chegou ao Brasil em 1539, tomou posse de seus novos domínios e iniciou a construção de um aldeamento, que recebeu, em 1540, a denominação de Vila da Rainha. Essa povoação transformou-se mais tarde na Vila de Itabapoana, sede de um dos Distritos do atual Município.

Estabelecido o aldeamento, o donatário cuidou do desenvolvimento de suas terras, promovendo culturas de cana-de-açúcar, mediante distribuição de mudas trazidas da Capitania de São Vicente.

Após essas primeiras medidas e no propósito de ampliar as possibilidades econômicas do núcleo, Pero Góis voltou a Portugal, em busca do material necessário à construção de engenhos para a fabricação de açúcar. Ao regressar, no entanto, encontrou as terras em abandono. O administrador por ele escolhido e os colonos haviam se retirado da região, intimidados pelos constantes ataques dos índios. Ainda assim, tentou Góis reorganizar suas plantações, mas, insatisfeito com os resultados de seus esforços e desiludido de fazer reviver a Vila da Rainha, retirou-se para a Europa.

Voltaram os Goitacás a ocupar a terra abandonada, até serem, mais tarde, expulsos pelas expedições de bandeirantes; estas, no local onde hoje se ergue a Cidade estabeleceram um "pouso de tropas", iniciando o repovoamento da região. Por volta de 1630, espalhada a notícia da riqueza do solo, afluíram novas levas de colonizadores, que se fixaram nas imediações do primitivo "pouso de tropas" e da capela erigida nas cercanias e dedicada a São João Batista da Barra.

Os sucessores de Pero Góis da Silveira, em face do insucesso da colonização, haviam, já então, renunciado à Capitania. Parte desta, compreendendo o local onde mais tarde seria fundada a Vila de São João da Praia, fora doada, em 1627, a Antônio Pacheco Caldeira, Antônio de Andrade e Domingos Pacheco; dessa distribuição resultou o novo surto de prosperidade.

A partir dessa época, verificou-se maior afluxo de colonos, estenderam-se as áreas exploradas, surgiram novas plantações, principalmente de cana-de-açúcar. Os autores divergem em relação à data da emancipação do Município, opinando uns pelo ano de 1674 e outros pelo de 1676.

Topônimo do município é igualmente objeto de dúvida, afirmando alguns haver sido criado com a atual denominação, assegurando outros ser São João da Praia a designação oficialmente adotada. Fato é que o ritmo de progresso recebeu grande impulso, até que, por Decreto de 1º de junho de 1753, o Município foi anexado à Capitania do Espírito Santo, da qual só veio a separar-se para integrar a Província Fluminense, por força de Lei ou Carta de Doação de 31 de agosto de 1832.