O território do Município de São Francisco de Itabapoana, quando da divisão do Brasil em capitanias hereditárias, passou a integrar a Capitania de São Tomé, ou Paraíba do Sul, concedida em 1536 a Pero Góis da Silveira.

Esse donatário se estabeleceu na área em 1539, escolhendo para implantação do núcleo original o lugar que considerou de solo fértil e abrigado do tempo e dos índios Goitacases, que dominavam a região. Houve um entendimento com os indígenas, possibilitando a primeira plantação de cana-de-açúcar, próxima ao Rio Itabapoana.

Após segregar com os locais, retornou a Portugal, ficando em seu lugar alguns portugueses, até que outra expedição comandada pelo seu filho, Gil de Góis aqui aportou. O plantio de cana cresceu, mas também ele teve um desentendimento com as tribos Coroado ao norte e os Goitacases ao sul, e o cultivo foi abandonado. Em 1630, era fundado o povoado de São João Batista da Paraíba do Sul, atual sede do município de São João da Barra, do qual o sertão sanjoanense tem seu território naturalmente separado, ao sul, pelo Rio Paraíba do Sul.

O cultivo da cana-de-açúcar foi logo introduzido naquela área, mas o aldeamento não conseguiu progredir rapidamente, devido aos ataques constantes dos indígenas. A região só voltou a ser efetivamente ocupada quando bandeirantes ergueram um pouso de tropas na capitania, em torno do qual a população começou a se aglomerar, edificando uma capela dedicada a São João Batista da Barra. O núcleo urbano foi elevado à condição de freguesia em 1644, ocasionando maior fluxo de colonizadores, o que permitiu maior desenvolvimento para a lavoura canavieira.

Na década de 1670, a freguesia teve determinada sua autonomia, recebendo o nome de vila de São João da Praia do Paraíba do Sul. Porém, o município foi anexado à capitania do Espírito Santo em 1753, retornando à Província Fluminense em 1832. No ano de 1995, São Francisco de Itabapoana ganha sua autonomia, desmembrado de São João da Barra, ocupando uma área de 1.117km² tornando-se o segundo maior município do Estado do Rio de Janeiro em extensão territorial.