Na primeira metade do século XIX, chegaram à região hoje ocupada pelo município de Rio das Flores os primeiros grupos de colonizadores, que se dedicaram desde logo, à cultura do café, cujas plantações , em breve, recobriram vastas extensões até essa época ocupadas pela mata virgem.

Em 1815, a localidade foi capela curada, sob a invocação de Santa Teresa, subordinada à freguesia de Nossa Senhora da Glória , Vila de Valença, atual município de Marquês de Valença, recebendo, quatro anos mais tarde, o predicamento de freguesia.

Já no período republicano, foi a localidade emancipada da tutela de Valença. Localizando-se a sede da nova comuna fluminense na vila de Santa Teresa, que foi elevada à categoria de cidade em 1929.

Atualmente, sob a nova denominação de Rio das Flores o município vem tendo suas terras utilizadas na policultura e na pecuária.