Há controvérsia quanto ao desbravamento das terras que fazem parte do município de Rio Bonito, inicialmente habitadas pelos Tamoios. Para alguns é fruto da viagem dos sete capitães, Miguel Aires Maldonado, Miguel da Silva Riscado, Antônio Pinto Pereira, João de Castilho, Gonçalves Correia de Sá, Manoel Correia e Duarte Correia, em princípios do século XII. Para outros, sua origem remonta ao século XII, obra dos expedicionários deixados por Américo Vespúcio, em 1503, na praia da Cabo da Rama, hoje território de Cabo Frio.

Os primeiros proprietários de terras foram Paulo da Mata Duque Estrada, Pedro de Souza Pereira e o sargento-mor Gregório Pereira Pinto ou Gregório Pinto da Fonseca, que fundou uma fazenda com o nome de "Madre de Deus", em homenagem à padroeira da capela aí erigida posteriormente às suas expensas.

Em 18 de abril de 1760, recebia a pequena capela o título de curada e oito anos depois era a localidade elevada ao predicamento de freguesia com a invocação de Nossa Senhora da Conceição do Rio do Ouro.

A construção da nova igreja foi concluída em 1820, quando se registrava na região grande surto de progresso. Sendo a localidade elevada à vila em 7 de maio de 1846 e à cidade em 16 de janeiro de 1980.