O território que atualmente constitui o Município de Nilópolis parece ter feito parte da sesmaria que foi doada a Brás Cubas em 1568. Esta concessão parece fazer parte do grupo das que foram feitas a partir de 1566 a fidalgos que começavam a disputar as terras adjacentes à cidade fundada por Mem de Sá. Há documentos que apontam esse ano como o do início do movimento colonizador, dirigido para o vale de diversos rios que desaguam na baía de Guanabara, entre os quais não só o Meriti como o Sarapuí.

Alguns anos depois de criada a freguesia de Nossa Senhora do Pilar - em terras do atual Município de Duque de Caxias - surgiu na zona litorânea da Guanabara uma outra povoação, fundada com o nome de São João Batista de Trairoponga. Em 1647, a capela aí existente tornou-se matriz da freguesia do mesmo nome. Esta condição foi perdida, já na segunda metade do século XVII, em favor de outra capela, nas terras em que hoje está a Cidade de São João de Meriti.

Outras mudanças de local ocorreram, sendo certo, todavia, que em 1747 a matriz estava novamente nas margens do Meriti, ficando a região conhecida por Freguesia de São João Batista do Meriti. Foi nessa freguesia que surgiu a fazenda de São Mateus, do padre Mateus Machado Homem. Mas, com a elevação do povoado de Iguaçu à categoria de Vila em 1833, a freguesia de São João de Meriti, nas terras da fazenda São Mateus, passou a fazer parte de sua jurisdição.

Com o advento da via férrea na segunda metade do século XIX, foram abandonados os rios como meio de comunicação, declinando essa parte da região. Graças a ação de Nilo Peçanha, o Governo iniciou um programa de saneamento, o que proporcionou a rápida valorização das terras e seu fracionamento em propriedades menores vendidas a preço baixo. Neste caso estava a antiga fazenda de São Mateus, que passava ao domínio dos sucessores do primeiro Barão de Mesquita. A parte em que a Central do Brasil construíra uma parada para seus trens, chamada Engenheiro Neiva, dividida também em lotes, foi aos poucos tomada por operários e pequenos empregados, formando, deste modo, um povoado. Essas terras, em homenagem a Nilo Peçanha, receberam o topônimo de Nilópolis.