A história do atual Município de Miguel Pereira está vinculada à de toda a região de Vassouras, da qual foi desmembrado. Naquela região, no "Caminho Novo do Tinguá", nas proximidades da margem direita do rio Paraíba do Sul, se erigiu a vila, mais tarde Cidade de Vassouras e, em bifurcação, se atingia a roça do Alferes, onde se desmembraria a do Pati, que seria a primitiva sede municipal Pati do Alferes.

No Arquivo Público Nacional há referências de várias sesmarias concedidas na região, entre as quais a de Marcos da Costa da Fonseca Castelo Branco, antigo almoxarife da Fazenda Real do Rio de Janeiro, em 1708, e a Roça do Alferes. Esse roteiro, que partia do Rio de Janeiro, ganhava, depois de transposta a serra, a roça de Marcos da Costa, Roça do Alferes, confirmando, assim, a penetração através do território do atual Município, pois a sesmaria de Marcos da Costa se localizava nas proximidades das cabeceiras do rio Sant'Ana.

Essa região alcançou grande prosperidade, graças ao braço escravo empregado na sua lavoura, e sentiu os efeitos da abolição da escravatura, que, de resto, deixou em quase todos os Municípios fluminenses um marco de decadência, provocado pela falta de braços para os trabalhos do campo.

Por volta de 1878 já se cogitava da construção de uma estrada de ferro, que partindo de Belém (atual Japeri), fosse terminar em Pati do Alferes. Em 15 de março de 1882 o Governo Federal assinava contrato com os engenheiros Luiz Rafael Vieira Souto e Henrique Eduardo Hargreves, determinando a passagem ferroviária pelos vales do rio Sant'Ana e ribeirão de Ubá.

O primitivo nome da localidade era Barreiros originado de uma área da fazenda São Francisco, de propriedade de Antônio Francisco Apolinário, em 1872. Por ali passavam, na época, tropas de burros, que ficavam atolados, em virtude da grande quantidade de barro existente no local. Depois que se construiu a Estrada de Ferro Melhoramentos do Brasil, por volta de 1898, vencida já a serra, a localidade passou a chamar-se Fazenda da Estiva. Em 1918 seu topônimo foi mudado para Professor Miguel Pereira, ilustre figura da medicina brasileira que, com a saúde abalada, ali residiu durante vários anos.

O povoado de Governador Portela, distrito de Miguel Pereira, recebeu esse nome em homenagem ao Dr. Francisco Portela, primeiro Governador do Estado.

O Município de Miguel Pereira, recebeu esse nome em homenagem ao médico e professor Miguel da Silva Pereira que difundiu as qualidades do clima do local.

Caminho do Imperador

Estende-se pelo município de Paty do Alferes, Miguel Pereira e Petrópolis. Vale a pena ser conhecido, apesar de a estrada ter um percurso difícil. Entregue ao tráfego de pedestres e animais no início do século XVII, foi a primeira ligação direta entre o Rio de Janeiro e a região das Minas Gerais, onde o ouro já aparecia em abundância. Era também por este caminho que o Imperador, saindo do Rio de Janeiro, atravessava a serra, chegava a Petrópolis e seguia viagem para Minas Gerais. É uma estrada estreita, em meio à mata virgem, de onde se vê nascentes de águas cristalinas formando riachos e quedas d'água que deságuam entre a vegetação, e onde os desníveis das montanhas formam o denominado "mar de morros", relevo típico da região. Neste ponto do caminho há uma pedra, a "Mesa do Imperador", da qual se avista a Ponte Rio-Niterói e o Cristo Redentor em tempo de céu claro. Altitude de 1.100m.

Museu do Núcleo Histórico Ferroviário de Miguel Pereira

Inaugurado em 15 de agosto de 1987, seu acervo constitui-se de belos exemplares da época áurea da Estrada de Ferro, como fotos, maquetes, antigos telefones, máquinas registradoras, cofres, telégrafos Morse, cadeiras originais de vagões de trem, brasões ferroviários, sinaleiras de manobras, sino de bronze para chamada de passageiros na partida dos trens, aparelhos de tipografia, peças de locomotivas a vapor, material operacional na linha ferroviária, balanças e relógios. Situado no interior da antiga "Estação de Trem de Miguel Pereira", imponente construção do início do século.

Museu Francisco Alves

Foi inaugurado em 1974, em homenagem ao cantor Francisco Alves, que passou lá grande parte de sua vida. O acervo constitui-se de objetos de uso pessoal do cantor, móveis que lhe pertenceram, microfones, fotografias, recortes de jornais, cartas, roupas, além de vários discos mostrando a trajetória de sua vida artística. Uma das peças mais curiosas é a velha máquina de escrever, com tipos maiores, assim confeccionada pelo fato do cantor não enxergar bem e se negar a usar óculos. O seu violão, peça de valor sentimental, está exposto em lugar de destaque. O acervo conta, ainda, com farta documentação de sua vida e da música popular brasileira na década de 40, época histórica da Rádio Brasileira.

Viaduto Paulo de Frontin

Construído sobre o Rio Santana, próximo à Estrada de Vera Cruz, é um imponente monumento de 82m de comprimento e 34m de altura. Inaugurado em 1897, é o único de estrutura metálica do mundo e foi encomendado na Bélgica pelo engenheiro Paulo de Frontin, que dirigiu pessoalmente grande parte da obra. É uma extensa ponte férrea, de estrutura metálica treliçada, com sustentação em blocos de concreto formando um grande arco sobre o Rio Santana.