A história de Macuco e Cordeiro está intimamente ligada à construção da linha férrea, em 1860, construída pelo Barão de Nova Friburgo, unindo suas fazendas cafeeiras Boa Sorte, Gavião e Laranjeiras, localizadas na região conhecida como Sertões do Macuco, de forma a facilitar o escoamento das grandes safras para a capital, Rio de Janeiro. A ligação das três fazendas chamou a atenção do cantagalense Bernardo Clemente Pinto, que resolveu tomar para si a responsabilidade da construção de outro ramal férreo dividido em três seções: de Vila Nova a Cachoeiras; de Cachoeiras a Nova Friburgo e de Nova Friburgo a Cantagalo. E foi nessa ocasião que nasceu o povoado de Macuco.

A colonização dos atuais municípios de Cordeiro e Macuco teve origem à margem esquerda do Rio Macuco, próximo da fazenda Cordeiro. Em 1883, novos fluxos de colonização, lavradores e artífices chegaram à região. O desenvolvimento da localidade proporcionou a criação, em 1890, do distrito de Cordeiro, subordinado ao município de Cantagalo. O progresso apresentado pelo distrito motivou a criação do município de Cordeiro, em 1891, sendo a sede municipal elevada à categoria de vila. No entanto, essa autonomia durou pouco tempo, retornando o município de Cordeiro a sua antiga situação de distrito de Cantagalo. A reintegração na categoria de município somente realizou-se em 1943.

Cordeiro era uma área eminentemente agrícola, cultivando sobretudo café, que aos poucos foi substituído pela pecuária. No início deste século, o município se tornou centro urbano de certa importância, em nível regional, pois, apesar de a implantação das indústrias de cimento ter sido em Cantagalo, a maioria dos trabalhadores reside em Cordeiro.

Em 1997, foi instalado o município de Macuco, antigo segundo distrito de Cordeiro.