A origem dos municípios de Carapebus e Quissamã encontra-se ligada à de Macaé, município ao qual pertenciam até recentemente, como sedes distritais.

O início da colonização da área que corresponde atualmente a Carapebus ocorreu em 1627, quando a Coroa Portuguesa concedeu aos Sete Capitães, militares portugueses que lutaram na expulsão dos franceses da Baía de Guanabara, as terras entre o Rio Macaé e o Cabo de São Tomé, que incluíam Carapebus.

A ocupação da área remonta à primeira metade do século XVII, tendo o núcleo inicial de Macaé progredido apoiado na economia canavieira, em torno da antiga Fazenda dos Jesuítas de Macaé, constituída de engenho, colégio e capela situada no Morro de Santana.

Já na segunda metade do século XVIII, 20% das terras de Carapebus pertenciam, através de sesmarias, ao capitão Francisco José, que explorava as culturas de feijão e mandioca e gado, além de arrendar grande parte da área. No final do século XVIII parte das terras são vendidas, constituindo-se a Fazenda de São Domingos.

Crescia vertiginosamente a cultura de cana-de-açúcar na região, sendo essa fazenda uma das mais prósperas do Norte Fluminense no início do século XIX. Outras importantes atividades econômicas da região foram a agropecuária e a pesca, que ainda hoje sustentam diversas famílias no município.

O desenvolvimento da localidade de Macaé motivou sua elevação à categoria de vila em 1813, sob o nome de São João de Macaé, cujo território foi desmembrado dos municípios de Cabo Frio e Campos. No período colonial, a vila evoluiu rapidamente, favorecida pela posição geográfica de maior acessibilidade ao Norte Fluminense, passando à categoria de cidade em 1846.

O alicerce da economia de Macaé foi, por muitos anos, o cultivo da cana-de-açúcar, que respondeu por um crescimento demográfico expressivo nos séculos XVIII e XIX. O município chegou a desempenhar o papel de porta de entrada e saída do Norte Fluminense, favorecido pela ligação com Campos dos Goytacazes, através da construção do canal Macaé-Campos e da implantação da ferrovia ligando estas duas sedes municipais.

A Usina de Carapebus foi fundada nos idos de 1927, época em que ainda existiam nesta região muitas outras usinas de açúcar, sendo a primeira fonte de renda e de emprego do então terceiro distrito de Macaé. Carapebus adquiriu sua autonomia municipal em 1997.

Igreja do Caxanga (Nossa Senhora da Conceição)

A Paróquia de Nossa Senhora de Carapebus foi criada pela lei Provincial 272, de 9 de maio de 1842 e de muitos vigários onde destacou-se o padre José Alves da Cruz, que esteve à frente da Paróquia, por mais de um quarto de século, dedicando-se com força total à construção da igreja. Em seu tempo, a Igreja do caxangá foi um dos mais belos templos da região. Segundo o historiador Elbe Tavares de Almeida "sua nave comportava cerca de trezentas pessoas em pé. Ornava a igreja um belíssimo lustre estrangeiro de vidro fosco. Seu corpo possuía um parapeito de madeira torneada e ocupava toda largura da nave. o altar era feito de jacarandá e peroba, com frisos e contornos de arte antiga e atrás do altar, um clarabóia e vidro azul e branco deixava entrar toda a claridade do poente. A história conta que a Igreja do caxanga fora projetada com uma torre, mas um erro na construção fez com que esta torre viesse a cair antes de serem as obras do templo concluídas e a igreja ficou mesmo sem torre. O escritor Feri Basílio Hower, afirma que a igreja foi construída num período de 17 anos de 1865 a 1882. Quando a Igreja ficou pronta acabou ficando afastada cerca de dois quilômetros da vila, pois a população acabou aglomerando-se em torno da Estação da Estrada

Igreja Matriz de Nossa Senhora da Glória

Foi construída em janeiro de 1950. É uma das mais belas de toda região. Sua construção iniciou-se em 1932.

Parque Nacional de Jurubatiba

Uma área de restinga de 14 mil hectares entre os municípios de Macaé, Carapebus e Quissamã, que depois de ser estudada por mais de 15 anos por cientistas de bandeiras nacional e internacional, foi finalmente transformado em parque nacional e preservação ambiental, em 29/04/98. A área é um dos trechos do litoral brasileiro de maior diversidade de recursos naturais. Esta vegetação de restinga tem fruas como pitanga, araçá, guriri e cambuí, e plantas como bromélias, trepadeiras e até mesmo orquídeas sem contar o vasto elenco de plantas medicinais. Ela reúne animais em extinção como jacaré de papo amarelo, e espécies diversas como tatus, tamanduás, lontras, jacarés, jaguatiricas, capivaras, papagaios e outros. Para completar, a área de preservação possui 12 lagoas costeiras e inúmeros brejos temporários e permanentes. A restinga foi reconhecida em 1992, pela UNESCO, como reserva da biosfera, num estudo que teve a chancela de 196 cientistas, que consumiram dois milhões de dólares por ano. Os 126 cientistas que estudam a área Jurubatiba um dos principais parques nacionais de todo o mundo. Vale reparar nas florestas inundáveis e inundadas, que ocorre nas depressões entre os cordões de areia do parque. A maior área destas florestas localiza-se entre a Lagoa Comprida e a Lagoa de Carapebus, outras formações típicas do parque são aquelas encontradas nos brejos, que tanto podem ser de água doce ou salgada. Entre as espécies da flora, destacam-se a pitangueira, o cajueiro, a erva-mate e madeiras de lei como argelim-rosa, o aderno, o catambu e a caixeta, sem falar no ipê-amarelo. Muitas espécies de animais já extintas em outras regiões do estado podem ser encontradas no Parque Nacional de Jurubatiba. É o caso da borboleta-da-restinga, que ainda pode ser encontrada na mata única da Lagoa Cambiúnas. Da qualidade ecológica das lagoas costeiras dependem várias espécies de aves aquáticas, residentes e migratórias, comoirerês, marreca-cabloca, pato de crista, marreca-queixo-branco e muitas outras. Nas lagoas também são encontradas várias espécies que, por apresentarem-se em pequenas populações, podem ser consideradas ameaçadas. OBS: O parque também possui trilhas ecológicas.