Nas terras pantanosas que pertenciam originalmente à freguesia de Irajá, havia uma grande fazenda, a Fazenda Nossa Senhora das Graças, onde ficava o Engenho do Vigário Geral, também conhecido como “Engenho Velho”, próximo ao rio Meriti. Esse “Vigário Geral” seria o Cônego Dr. Luiz Borges da Silva Oliveira, dono do Engenho Nossa Senhora das Graças na segunda metade do século XVIII, embora existam fontes citando o monsenhor Félix de Albuquerque ou o Padre Dr. Clemente de Matos, ambos donos do Engenho de Irajá, como o “Vigário Geral” que deu nome ao bairro.

Com a extinção do Engenho, a fazenda virou propriedade do deputado e médico Dr. Bulhões Marcial que, a partir de 1910, resolveu lotear suas terras morro acima, abrindo ruas. Em 05 de outubro de 1910, a Estrada de Ferro Leopoldina (antiga Estrada de Ferro do Norte) montou um barracão como parada do trem para atender a população, inaugurando a estação do “Velho Engenho”, posteriormente estação do Vigário Geral.

Vigário Geral ocupa grande área desde a rua Bulhões Marcial (antiga estrada Rio-Petrópolis) até junto à rodovia Presidente Dutra, onde depois foi loteado o “Jardim América”. Atualmente o bairro contém centenas de empresas – é considerado o segundo pólo industrial e de serviços do Município -, clubes sociais, praças públicas (com destaque para a Catolé da Rocha e seu coreto tombado pelo Patrimônio Histórico), um pequeno comércio, três associações de moradores, uma escola de samba e uma grande estação de tratamento sanitário, a “Usina de tratamento da bacia do rio Pavuna”, que faz parte do projeto de despoluição da Baía de Guanabara.

Desde 2000 o bairro faz parte da então criada XXXI Região Administrativa-Vigário Geral, que inclui ainda Jardim América, Cordovil e Parada de Lucas. No limite com Jardim América, foi implantado pela CEHAB, na década de 1960 (governo Carlos Lacerda), o Conjunto Habitacional “Vila Esperança”, para moradores de baixa renda.

O Parque Proletário de Vigário Geral está localizado à leste da linha férrea e sua ocupação iniciou-se no final dos anos 1950. Muitos ferroviários vieram morar no local, cujo terreno pertencia a Estrada de Ferro Leopoldina, e foi então fundada a Associação de Moradores de Vigário Geral. O fornecimento de luz foi regularizado em 1984 e a distribuição de água implantada em regime de mutirão. Destacam-se no bairro a presença do grupo cultural Afro Reggae, da ONG Casa da Paz e da organização Médicos Sem Fronteiras. Para facilitar o acesso, foi construído viaduto sobre o ramal ferroviário, ligando a comunidade à rua Bulhões Marcial.