A região era conhecida como praia da Tapera, ou localidade da Tapera. Os bondes começaram a circular na área em 1922, pela estrada da Tapera, atual rua Capitão Barbosa. Esse militar foi figura ilustre do bairro, grande nacionalista, que muito colaborou para o desenvolvimento do lugar. Sua esposa nos anos de 1920 era diretora de uma escola na estrada da Tapera, e um militar amigo da família teve a iniciativa de construir, na Ponta do Tiro, um pequeno forte com um canhão e um mastro para hastear a Bandeira Brasileira, a fim de que as crianças da escola, pudessem comemorar o “Dia da Bandeira”. Daí o nome atual do bairro, Praia da Bandeira, cuja estreita faixa arenosa desfruta de bela paisagem da Baía de Guanabara. A escola foi transferida para a praia do Zumbi e hoje é a Escola Municipal Cuba.

O bairro surgiu do loteamento lançado em 1931 pela Companhia Territorial da Ilha do Governador, que fez o arruamento, promovendo a venda de terrenos. De características predominantemente residenciais, teve boa parte de sua área, no alto do morro da Tapera, ocupada por grandes Conjuntos Habitacionais, com acesso pelas ruas Altinópolis, Frei Inocêncio, Apoporis, com os Condomínios Arco-Íris, Verdes Mares, Aerobita, Morada da Ilha, Recanto Feliz, etc.

Como curiosidade, em 1947 instalou-se no bairro a Indústria de Água Mineral Fontana, na rua Capitão Barbosa e em 1958 na mesma rua, no número 215, existiu a única Estação de Águas do então Distrito Federal, o “Parque Fontana” hipotermal, onde se podia beber a água mineral natural, ambos indústria e parque, já extintos. Portanto, o nome desse bairro da Ilha do Governador tem origem na Bandeira Brasileira que era hasteada no Pequeno Forte da Ponta do Tiro.