Sua denominação teve origem na partilha das terras da região de Guaratiba entre os herdeiros de seu primeiro donatário, Manoel Velloso Espinha. Com a sua morte, seus dois filhos Jerônimo Velloso Cubas e Manoel Espinha Filho herdaram a freguesia de Guaratiba. Através de mútuo entendimento, dividiram entre eles as terras herdadas do pai, ficando Jerônimo com a parte norte e Manoel com a leste, tendo o rio Piraquê como marco divisório.

Jerônimo Velloso Cubas construiu em seus domínios, em 1628, a Ermida, depois Capela, de Nossa Senhora do Desterro. Ainda existente, a capela situa-se em pequena elevação defronte à Baía de Sepetiba e é tombada pelo Patrimônio da União. Jerônimo não tinha herdeiros e, de acordo com a lei, foi forçado a doar sua parte à “Província Carmelitana Fluminense”, uma Congregação Religiosa da Ordem do Carmo, que ali construiu benfeitorias, destacando-se um engenho com extenso canavial, produtor de açúcar e rapadura. Nessa área, surgiria a fazenda da Pedra, com sua Capela de Sant’ana, que daria origem mais tarde ao núcleo urbano de Pedra de Guaratiba, com acesso pelas estradas da Pedra, da Matriz e do Catruz. O bonde chegaria à localidade pela rua Belchior da Fonseca, com terminal na Praça da Colônia (atual Vila Formosa).

Existem fontes que citam Pedra de Guaratiba como um importante centro exportador de ouro das Minas Gerais no século XVII. Atualmente, o bairro é uma tradicional vila de pescadores, bucólica, com sua bela paisagem da Baía de Sepetiba emoldurando o casario simples e o contínuo movimento de barcos pesqueiros. Nos seus tradicionais restaurantes, é servido excelente pescado, destacando-se os restaurantes Amendoeira e Candido’s, entre outros.

Pedra de Guaratiba possui as praias da Ponta Grossa, da Venda Grande, da Pedra de Guaratiba e da Capela, todas com águas lodosas, escuras, impróprias para banho de mar. Recentemente, foram construídos decks de madeira em sua orla para contemplação da Baía de Sepetiba.

Em Pedra de Guaratiba ficam a Igreja São Pedro, o Pedra Esporte Clube, o Abrigo Evangélico da Pedra e o Morro do Silvério (97 mts), principal elevação do bairro, considerado Área de Preservação Ambiental (APA) pela Lei Municipal 2836/99.

Igreja Nossa Senhora do Desterro
Endereço: Praia da Capela

Pequena capela, edificada antes de 1629, à beira-mar por Joaquim Veloso Cubas e sua mulher Baetriz Álvares Gago, possuindo do lado da epístola um cojunto com sacristia e outras dependências, com destaque para a talha do altar único e do coro refeitos no século XIX.