Deve seu nome ao Engenho da Paciência, de João Francisco da Silva, a mais antiga e importante fazenda de cana existente no Brasil. Ficava na Estrada Real de Santa Cruz, onde, no início do século XIX, se hospedavam príncipes e nobres, nas excursões à Fazenda Real.

Mais tarde, com o advento da linha férrea, foi inaugurada, em 1897 a estação de Paciência. Sua urbanização começou na década de 1950/1960, com o surgimento de grandes loteamentos, como o Jardim Sete de Abril, a Vila Geni, o Jardim Vitória, dentre outros. Na Avenida Brasil, foi implantado o bairro Jardim Palmares e o Distrito Industrial de Palmares, na divisa com Campo Grande.

Posteriormente, cresceram comunidades como as de Três Pontes, Divinéia, Roberto Moreno e Nova Jérsei. O núcleo principal do bairro, atravessado pelo rio Cação Vermelho, está situado entre a Serra da Paciência e o Morro de Santa Eugênia.