A região pertencia à Grande Sesmaria de Martin de Sá, que se estendia do arroio Pavuna até o Maciço da Tijuca, cuja principal construção era o Engenho D’Água. Nas suas imediações se encontravam as estradas do Gabinal, do Capão (atual Tem. Cel. Muniz de Aragão) e da Banca da Velha (atual Edgar Werneck). Posteriormente, a área foi ocupada por sítios e fazendas onde cultivou-se cana-de-açúcar, café e lavouras diversas.

Na década de 1960, com a transformação do Distrito Federal em Estado da Guanabara, o Governador Carlos Lacerda implementou uma política de remoção das favelas situadas na zona sul da Cidade, no entorno da Lagoa Rodrigo de Freitas, além de algumas outras, para isso autorizando a construção de grande conjunto habitacional na baixada de Jacarepaguá. Surgiu assim a Cidade de Deus.

Construída pela COHAB e financiada pelo BNH, a Cidade de Deus terminou de ser construída após o governo Negrão de Lima. Seus projetos foram executados em 1968: o primeiro, em área total de 253.810 m2, limitado entre a avenida Ezequiel, rua Moisés e rua Edgar Werneck; o segundo, em área total de 36.343 m2, constando de 159 lotes e 8 ruas, entre a estrada da Estiva (atual Malomiguel Salazar Mendes de Morais) e a avenida do Rio Grande; e o terceiro, de outubro de 1968, abrangendo a maior área, com mais de 120 logradouros, incluindo ruas, travessas, praças, todas batizadas com nomes bíblicos, pelo Decreto de 30/03/1970.

Os favelados transferidos para a Cidade de Deus provinham de 63 favelas distintas, sendo que 70% dessa população provinha de apenas seis favelas (Praia do Pinto, Parque da Gávea, Ilha das Dragas, Parque do Leblon, Catacumba e Rocinha). Os outros 30% eram oriundos de 57 favelas, evidenciando a heterogeneidade dos residentes favelados.

A Cidade de Deus agrupa uma população de operários de vários setores industriais, prestadores de serviços não-especializados, pessoas dedicadas a atividades comerciais, de natureza administrativa e profissionais liberais. Alguns anos depois de sua inauguração, o que antes eram áreas exclusivamente residenciais, tomaram a feição de pequenos centros comerciais em plena expansão, observando-se em quase todas as quadras os mais diversos estabelecimentos.

Atravessada pelo rio Grande e seu afluente Estiva, a Cidade de Deus passou a ter um crescimento interno desordenado, observando-se um processo de favelização ao longo desses canais. Junto ao conjunto surgiram as comunidades do Muquiço, Santa Efigênia, travessa Efraim, Rocinha II e Jardim do Amanhã II, além de novos conjuntos habitacionais como o Vila Nova Cruzada e o Jardim do Amanhã. Em 1997, com a inauguração da “Linha Amarela”, a Cidade de Deus seria seccionada: de um lado os Conjuntos Margarida, Gabinal etc e, do outro, o restante das antigas glebas, as duas partes interligadas por passarelas.

A vida no bairro inspirou o filme brasileiro “Cidade de Deus”, baseado no romance homônimo de Paulo Lins, com roteiro de Bráulio Mantovani, dirigido por Fernando Meirelles. Lançado em 2002 no Brasil e, posteriormente, no exterior, o filme teve enorme sucesso, recebendo inúmeros prêmios e indicações.