Em indígena, Cacuia significa CAÁ “morro” e CUYA “vaso de beber”, ou seja, “Morro da Cuia”. No século XIX, existiu na região a próspera fazenda São Sebastião, com atividades voltadas para a exploração de cal de mariscos e a extração de saibro. Sua proprietária, a viúva Amaral, a vendeu em 1871 à Marinha e a área tornou-se militar. Inicialmente foram instalados um depósito de munições e uma escola de aprendizes marinheiros, atualmente nela encontram-se a estação de rádio da Marinha e a base de combustíveis líquidos.

Na época do presidente Floriano Peixoto, ocorreu a Revolta da Armada (1893) e a antiga escola aí instalada foi palco de violentos conflitos envolvendo os revoltosos almirantes Custódio e Saldanha, o capitão Negreiros e o general “Florianista” Silva Teles, morto ao tentar ocupá-la. Grande parte dessa área da Marinha compreende o morro do Matoso (69 mts), recoberto por densa mata, e o manguezal cortado pelo rio Jequiá (Y-I-QUIÁ – “rio Sujo”). Por sua importância ecológica, foi transformada na Área de Proteção Ambiental e Recuperação urbana – APARU do Jequiá, por decreto municipal em 1993, incluindo os sítios arqueológicos, compostos pelo acúmulo de conchas deixadas pelas antigas tribos que habitavam o litoral. A área total dessa APARU é de 147 hectares. Dentro da Reserva, fica a colônia de pescadores Almirante Gomes Pereira, conhecida como colônia Z-10, em local cedido pela Marinha em 1920, que a regulamentou em 1938, estabelecendo condições para a permanência dos moradores. Na orla marítima, próxima ao morro do Matoso, ficam as praias do Golfinho, Brava e do Alentejo, dentro da área militar.

A área urbanizada do bairro tem como via principal a estrada da Cacuia, com registros datados desde 1930. Parte dele foi loteado pelo Jardim Carioca, depois um bairro à parte. Com o decorrer dos anos o bairro adensou, consolidando-se como área residencial, com centro funcional de expressivo comércio e serviços ao longo das estradas da Cacuia e do Galeão. Nele está instalado o único cemitério da Ilha do Governador, o Cemitério da Cacuia, inaugurado em 1904.

O bairro tem o carnaval mais animado da região e, em 1953 foi fundado, o Grêmio Recreativo Escola de Samba (G.R.E.S.) União da Ilha do Governador, com as cores azul, vermelho e branco, alcançando em 1994, o quarto lugar no grupo especial.